專題（一）介紹了轉(zhuǎn)錄因子與靶基因啟動子，本次介紹蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)互作預(yù)測。先上應(yīng)用實操總結(jié)（同專題一總結(jié)類似，看過可忽略直接進入實操正文）：

優(yōu)勢：利用AlphaFold3預(yù)測目的蛋白與候選蛋白互作，目前大概是生信預(yù)測類中較準確的方法。充分使用該工具，make it easier，會讓互作機制研究會更容易些。建議結(jié)合其他生信分析網(wǎng)站，如PPI、BioGRID 、IntAct，ComplexPortal等網(wǎng)站（干實驗數(shù)據(jù)），或充分整合自己項目的CoIP-Mass或HuProt蛋白組芯片互作組數(shù)據(jù)（濕實驗數(shù)據(jù)），進行初步分析，然后再用AlphaFold3進行預(yù)測驗證，將會提高互作機制研究的成功率。

缺點：AlphaFold3畢竟是基于序列和AI大模型的建模預(yù)測，本身只供參考。另外，真實世界的分子互作，有很多影響因素，比如序列修飾、互作受環(huán)境條件、遺傳背景等，可供AlphaFold3訓(xùn)練的語料非常有限。因此，基于AlphaFold3的互作預(yù)測，需要小心求證。另外，AlphaFold3使用，需要Google和GMAIL郵箱才能順利使用，會限制很多科研工作者的正常使用。

策略：我們團隊緊跟互作機制研究熱點，可以協(xié)助您的項目，使用AlphaFold3工具進行預(yù)測分析。另外，我們團隊長期聚焦互作機制研究的濕實驗技術(shù)服務(wù)，如CoIP-Mass或HuProt蛋白組芯片互作組檢測、CoIP-WB互作蛋白驗證、修飾互作驗證、環(huán)境條件互作驗證、互作調(diào)控機制探索等實驗，協(xié)助您輕松突破互作機制研究，讓科研成果更上一層樓。

實操正文如下：

蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)互作是指不同蛋白質(zhì)之間的相互作用，這種作用可以發(fā)生在細胞內(nèi)或細胞外。蛋白質(zhì)通過互相結(jié)合，形成復(fù)雜的細胞機制和信號傳導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)，參與多種生WU過程，如基因調(diào)控、代謝、信號傳導(dǎo)等。這種互作是生命活動中的重要組成部分，對維持生WU體的正常功能具有重要意義。

那么如何用AlphaFold3預(yù)測候選蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)互作呢？

第一步，通過Uniport網(wǎng)站獲取候選基因的蛋白質(zhì)序列（以MYC、PRMT5為例）。

獲取MYC蛋白質(zhì)序列。

獲取PRMT5的蛋白質(zhì)序列。

第二步，訪問 AlphaFold Server（AlphaFold Server需要科學上網(wǎng)，而且建議使用Google瀏覽器，使用谷歌賬號登錄）和輸入數(shù)據(jù)進行預(yù)測。

登錄谷歌郵箱賬號，點Add entity框就可以添加蛋白質(zhì)、DNA、RNA、配體和離子（金屬離子）。

將MYC和PRMT5的蛋白質(zhì)序列序列輸入，點”Continue and preview job”。

點“Confirm and submit job”即可提交作業(yè)，一般運行約10 分鐘左右。

第三步，結(jié)果。MYC和PRMT5互作預(yù)測結(jié)果。點“Download”可下載數(shù)據(jù)。

顏色越藍表示預(yù)測的置信度越高，越橙則越低。

注：pLDDT：基于 0-100 量表的每個原子置信度估計，其中較高的值表示置信度較高。pTM 和 ipTM 分數(shù)：預(yù)測模板建模（pTM）分數(shù)和界面預(yù)測模板建模（ipTM）分數(shù)均來自稱為模板建模（TM）分數(shù)的度量。pTM 分數(shù)高于 0.5 表示整體預(yù)測的復(fù)合物折疊可能與真實結(jié)構(gòu)相似。ipTM 衡量復(fù)合物內(nèi)亞基相對位置的預(yù)測準確性，高于 0.8 的值表示置信度高的高質(zhì)量預(yù)測，而低于 0.6 的值則表明可能是失敗的預(yù)測。ipTM 分數(shù)在 0.6 到 0.8 之間為灰色域，預(yù)測可能正確或不正確。對于小結(jié)構(gòu)或短鏈，TM 分數(shù)非常嚴格，因此當涉及少于 20 個標記時，pTM 分數(shù)賦值低于 0.05；在這些情況下，PAE 或 pLDDT 可能更能指示預(yù)測質(zhì)量。

這些cif文件可以用PyMol類似的軟件打開，然后進行后續(xù)分析。

AlphaFold3給蛋白質(zhì)互作預(yù)測提供了新的方法和工具。如遇AlphaFold3實操問題，歡迎后臺留言或聯(lián)系我們團隊，進行交流探討！