ChIP-Seq檢測(cè)和ChIP-qPCR驗(yàn)證技術(shù)服務(wù)

ChIP-Seq檢測(cè)和ChIP-qPCR驗(yàn)證應(yīng)用場(chǎng)景：

ChIP-Seq：用于構(gòu)建目的蛋白的DNA互作組數(shù)據(jù)，或用于不同遺傳背景/實(shí)驗(yàn)條件下的互作組差異。

ChIP-qPCR：用于驗(yàn)證目的蛋白和候選DNA的相互作用關(guān)系，或用于不同遺傳背景/實(shí)驗(yàn)條件下的互作變化。

ChIP-Seq是一種檢測(cè)細(xì)胞內(nèi)蛋白/DNA互作組的高通量技術(shù)。該技術(shù)通過聯(lián)合免疫共沉淀技術(shù)和DNA測(cè)序技術(shù)，對(duì)目的蛋白在特定細(xì)胞/組織內(nèi)的互作蛋白/DNA，進(jìn)行系統(tǒng)的檢測(cè)和分析。該技術(shù)適用于目的蛋白在特定細(xì)胞/組織中的蛋白/DNA互作組數(shù)據(jù)檢測(cè)，或用于不同遺傳背景/實(shí)驗(yàn)條件下的互作組差異研究。因此，ChIP-Seq是研究細(xì)胞內(nèi)蛋白/DNA互作調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的常規(guī)前置技術(shù)。

ChIP-qPCR是一種檢測(cè)細(xì)胞內(nèi)蛋白/DNA互作的靶向驗(yàn)證技術(shù)。該技術(shù)通過聯(lián)合免疫共沉淀技術(shù)和qPCR檢測(cè)技術(shù)，對(duì)目的蛋白在特定細(xì)胞/組織內(nèi)的蛋白/DNA互作關(guān)系進(jìn)行探究，驗(yàn)證蛋白/DNA的相互作用關(guān)系。該技術(shù)適用于目的蛋白在特定細(xì)胞/組織中的蛋白/DNA互作驗(yàn)證，或用于不同遺傳背景/實(shí)驗(yàn)條件下的互作差異研究。因此，該技術(shù)是研究細(xì)胞內(nèi)蛋白/DNA互作調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的常規(guī)檢測(cè)技術(shù)。

ChIP-Seq檢測(cè)和ChIP-qPCR驗(yàn)證技術(shù)價(jià)值：

（1）蛋白與DNA相互作用數(shù)據(jù)，是探究轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制研究的重要內(nèi)容，體現(xiàn)機(jī)制研究的深度，能明顯提升臨床基礎(chǔ)類研究文章的檔次。

（2）蛋白與DNA互作組檢測(cè)，常用于蛋白的轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究，如轉(zhuǎn)錄因子、轉(zhuǎn)錄調(diào)控蛋白等。

（3）蛋白與DNA互作，其結(jié)合DNA的區(qū)域，是進(jìn)一步研究互作機(jī)制和功能的關(guān)鍵內(nèi)容，能夠明顯增加機(jī)制研究的深度。

ChIP-Seq檢測(cè)和ChIP-qPCR驗(yàn)證方案：

客觀結(jié)果說明：乙方承諾提供的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)真實(shí)可靠，且在同等實(shí)驗(yàn)條件下的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)趨勢(shì)可被重復(fù)。

ChIP-Seq檢測(cè)和ChIP-qPCR驗(yàn)證要點(diǎn)：

（1）實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)：盡量進(jìn)行實(shí)驗(yàn)組別設(shè)計(jì)和生物學(xué)重復(fù)檢測(cè)，提高后續(xù)驗(yàn)證的陽性率。常規(guī)過表達(dá)單組（Ab IP vs IgG IP）；動(dòng)態(tài)互作組學(xué)（實(shí)驗(yàn)組vs對(duì)照組vs IgG組）。根據(jù)目的設(shè)計(jì)適當(dāng)?shù)纳飳W(xué)重復(fù)。如果后續(xù)以ChIP-Seq數(shù)據(jù)進(jìn)行互作組標(biāo)準(zhǔn)分析，則需要3-4組生物學(xué)重復(fù)；如果后續(xù)以尋找關(guān)鍵互作DNA片段，進(jìn)行深入的機(jī)制研究，則建議1-2次生物學(xué)重復(fù)。根據(jù)經(jīng)驗(yàn)，單次重復(fù)假陽性率達(dá)90%。ChIP-Seq強(qiáng)烈建議設(shè)置實(shí)驗(yàn)組別和生物學(xué)重復(fù)檢測(cè)。

（2）蛋白表達(dá)和細(xì)胞量：細(xì)胞用量要不少于1E8（金標(biāo)準(zhǔn)：320g離心細(xì)胞量100μL，保障項(xiàng)目用量）。本底低表達(dá)的蛋白，建議使用過表達(dá)組進(jìn)行檢測(cè)。蛋白表達(dá)可根據(jù)WB結(jié)果或初步根據(jù)數(shù)據(jù)庫(kù)判定（Proteomics DB，https://www.proteomicsdb.org；Human Protein Atlas，https://www.proteinatlas.org/）。

（3）抗體關(guān)鍵質(zhì)控：抗體特異性與親和效價(jià)要高，盡量采用標(biāo)簽抗體或經(jīng)過CoIP效果驗(yàn)證的抗體?？贵w質(zhì)量參差不齊（WB能檢測(cè)到預(yù)期條帶不到1/2，能檢測(cè)到良好結(jié)果的不到1/4）和存在非特異性結(jié)合（幾乎所有的抗體都存在非特異結(jié)合，部分非特異結(jié)合條帶遠(yuǎn)大于目的條帶），ChIP-Seq需做WB和IP-WB質(zhì)控。抗體可參考數(shù)據(jù)庫(kù)（Validated Antibody DB, https://www.labome.com/index.html)。

（4）IP送樣建議：細(xì)胞培養(yǎng)好后，收集前，先進(jìn)行甲醛交聯(lián)，再收樣凍存。由于ChIP的產(chǎn)物量極少，需要微量建庫(kù)，強(qiáng)烈建議整包交給公司進(jìn)行ChIP-Seq檢測(cè)和數(shù)據(jù)分析。

（5）與蛋白互作DNA片段的篩選和驗(yàn)證：數(shù)據(jù)分析以信號(hào)強(qiáng)度作為強(qiáng)陽篩選，以文獻(xiàn)查閱，功能匹配，批量ChIP-qPCR驗(yàn)證，提高驗(yàn)證成功率。

ChIP-Seq檢測(cè)和ChIP-qPCR驗(yàn)證優(yōu)劣勢(shì)：

優(yōu)勢(shì)：高通量獲得目的蛋白的專屬DNA互作庫(kù)，獲得與目的蛋白的互作的DNA機(jī)制分子。

劣勢(shì)：ChIP-Seq的DNA庫(kù)魚龍混雜，包含與目的蛋白直接/間接的互作DNA，非特異結(jié)合，殘留DNA。ChIP-Seq技術(shù)和分析門檻高；ChIP-qPCR驗(yàn)證成功率低，導(dǎo)致研發(fā)進(jìn)展反復(fù)跌宕，時(shí)間和經(jīng)費(fèi)成本占用較大，嚴(yán)重影響士氣。該項(xiàng)目的成功實(shí)施，比較依賴成熟和有分析經(jīng)驗(yàn)的團(tuán)隊(duì)，強(qiáng)烈建議整包交給專業(yè)的服務(wù)商開展檢測(cè)。

ChIP-Seq檢測(cè)和ChIP-qPCR驗(yàn)證案例：

ChIP-Seq互作組驗(yàn)證，即在互作組分析篩選的基礎(chǔ)上，進(jìn)一步利用ChIP-qPCR技術(shù)對(duì)感興趣分子進(jìn)行靶向檢測(cè)，更加精細(xì)，也是互作組驗(yàn)證的必由之路。成功驗(yàn)證上岸的基礎(chǔ)是理想的互作組數(shù)據(jù)庫(kù)和豐富的分析經(jīng)驗(yàn)，方能事半功倍。廣州基云生物，在IP互作組檢測(cè)和關(guān)鍵機(jī)制分子篩選驗(yàn)證領(lǐng)域，具有豐富的經(jīng)驗(yàn)，助力您的互作機(jī)制研究。歡迎垂詢合作，咨詢電話：王經(jīng)理 13533661243（微信同號(hào)）。