直奔主題，先上應(yīng)用總結(jié)：

優(yōu)勢(shì)：利用AlphaFold3預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子蛋白與靶基因啟動(dòng)子DNA互作，目前大概是生信預(yù)測(cè)類中較準(zhǔn)確的方法。充分使用該工具，會(huì)讓互作機(jī)制研究會(huì)更容易些，make it easier，和我們公司的服務(wù)理念一致。建議結(jié)合其他生信分析網(wǎng)站，如JASPAR、hTFtarget等網(wǎng)站（干實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)），或充分整合自己項(xiàng)目的ChIP-Seq互作組數(shù)據(jù)（濕實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)），進(jìn)行初步分析，然后再用AlphaFold3進(jìn)行預(yù)測(cè)驗(yàn)證，將會(huì)提高互作機(jī)制研究的成功率。

缺點(diǎn)：AlphaFold3畢竟是基于序列和AI大模型的建模預(yù)測(cè)，本身只供參考。另外，真實(shí)世界的分子互作，有很多影響因素，比如序列修飾、互作受環(huán)境條件、遺傳背景等，可供AlphaFold3訓(xùn)練的語料非常有限。因此，基于AlphaFold3的互作預(yù)測(cè)，需要小心求證。另外，AlphaFold3使用，需要Google和GMAIL郵箱才能順利使用，會(huì)限制很多科研工作者的正常使用。

策略：我們團(tuán)隊(duì)緊跟互作機(jī)制研究熱點(diǎn)，可以協(xié)助您的項(xiàng)目，使用AlphaFold3工具進(jìn)行預(yù)測(cè)分析。另外，我們團(tuán)隊(duì)長期聚焦互作機(jī)制研究的濕實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)，如ChIP-Seq互作組檢測(cè)、ChIP-qPCR互作蛋白驗(yàn)證、修飾互作驗(yàn)證、環(huán)境條件互作驗(yàn)證、互作調(diào)控機(jī)制探索等實(shí)驗(yàn)，協(xié)助您輕松突破互作機(jī)制研究，讓科研成果更上一層樓。

正文實(shí)操如下：

轉(zhuǎn)錄因子（Transcription Factor，TF）是一類蛋白質(zhì)分子，它們能夠與基因上游的特定序列（即轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)）專一性結(jié)合，從而調(diào)控基因的轉(zhuǎn)錄過程。轉(zhuǎn)錄因子在真核生WU的轉(zhuǎn)錄起始中起關(guān)鍵作用，與RNA聚合酶Ⅱ等形成轉(zhuǎn)錄起始復(fù)合體，參與轉(zhuǎn)錄起始的調(diào)控。

那么如何用AlphaFold3預(yù)測(cè)候選轉(zhuǎn)錄因子與候選靶基因啟動(dòng)子的互作呢？

第一步，獲取靶基因的基因的啟動(dòng)子系列。

打開NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/），下拉選擇Gene，輸入目的基因（以MYC為例, Homo sapiens），選擇search

點(diǎn)FASTA。

默認(rèn)啟動(dòng)子區(qū)域位于轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游2kb左右。

第二步，通過AnimalTFDB網(wǎng)站獲取MYC的候選轉(zhuǎn)錄因子名稱。以SP1為例。

第三步，通過Uniport網(wǎng)站獲取候選轉(zhuǎn)錄因子SP1的蛋白質(zhì)序列。

第三步，訪問 AlphaFold Server（AlphaFold Server需要科學(xué)上網(wǎng)，而且建議使用Google瀏覽器，使用谷歌賬號(hào)登錄）和輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)測(cè)。

登錄谷歌郵箱賬號(hào)，點(diǎn)Add entity框就可以添加蛋白質(zhì)、DNA、RNA、配體和離子（金屬離子）。

將SP1轉(zhuǎn)錄因子序列和MYC啟動(dòng)子序列輸入。

當(dāng)上傳完數(shù)據(jù)之后，點(diǎn)”Continue and preview job”。

隨后彈出一個(gè)確認(rèn)信息框，點(diǎn)“Confirm and submit job”即可提交作業(yè)，一般運(yùn)行約10 分鐘左右。

第四步，結(jié)果。轉(zhuǎn)錄因子SP1與靶基因MYC啟動(dòng)子互作預(yù)測(cè)結(jié)果。點(diǎn)“Download”可下載數(shù)據(jù)。

顏色越藍(lán)表示預(yù)測(cè)的置信度越高，越橙則越低。（筆者看了一下，下圖右圖的橫縱坐標(biāo)數(shù)值為輸入蛋白質(zhì)氨基酸數(shù)目和輸入啟動(dòng)子序列長度之和）

注：pLDDT：基于 0-100 量表的每個(gè)原子置信度估計(jì)，其中較高的值表示置信度較高。pTM 和 ipTM 分?jǐn)?shù)：預(yù)測(cè)模板建模（pTM）分?jǐn)?shù)和界面預(yù)測(cè)模板建模（ipTM）分?jǐn)?shù)均來自稱為模板建模（TM）分?jǐn)?shù)的度量。pTM 分?jǐn)?shù)高于 0.5 表示整體預(yù)測(cè)的復(fù)合物折疊可能與真實(shí)結(jié)構(gòu)相似。ipTM 衡量復(fù)合物內(nèi)亞基相對(duì)位置的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性，高于 0.8 的值表示置信度高的高質(zhì)量預(yù)測(cè)，而低于 0.6 的值則表明可能是失敗的預(yù)測(cè)。ipTM 分?jǐn)?shù)在 0.6 到 0.8 之間為灰SE區(qū)域，預(yù)測(cè)可能正確或不正確。對(duì)于小結(jié)構(gòu)或短鏈，TM 分?jǐn)?shù)非常嚴(yán)格，因此當(dāng)涉及少于 20 個(gè)標(biāo)記時(shí)，pTM 分?jǐn)?shù)賦值低于 0.05；在這些情況下，PAE 或 pLDDT 可能更能指示預(yù)測(cè)質(zhì)量。

這些cif文件可以用PyMol類似的軟件打開，然后進(jìn)行后續(xù)分析。

此外，又預(yù)測(cè)了另一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子ZN549與MYC啟動(dòng)子的互作，結(jié)果如下

如遇AlphaFold3實(shí)操問題，歡迎后臺(tái)留言或聯(lián)系我們團(tuán)隊(duì)，進(jìn)行探討！