專題（一）介紹轉(zhuǎn)錄因子與靶基因啟動(dòng)子、專題（二）介紹蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)的互作預(yù)測(cè)。

本次介紹蛋白質(zhì)與RNA互作。先上應(yīng)用實(shí)操總結(jié)（同專題一/二總結(jié)類似，看過可忽略直接進(jìn)入實(shí)操正文）：

優(yōu)勢(shì)：利用AlphaFold3預(yù)測(cè)蛋白與靶RNA互作，目前大概是生信預(yù)測(cè)類中較準(zhǔn)確的方法。充分使用該工具，make it（互作機(jī)制研究） easier。建議結(jié)合其他生信分析網(wǎng)站，如catRAPID、RBPDB等網(wǎng)站（干實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)），或充分整合自己項(xiàng)目的RIP-Seq互作組數(shù)據(jù)（濕實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)），進(jìn)行初步分析，然后再用AlphaFold3進(jìn)行預(yù)測(cè)驗(yàn)證，將會(huì)提高互作機(jī)制研究的成功率。

缺點(diǎn)：AlphaFold3畢竟是基于序列和AI大模型的建模預(yù)測(cè)，本身只供參考。另外，真實(shí)世界的分子互作，有很多影響因素，比如序列修飾、互作受環(huán)境條件、遺傳背景等，可供AlphaFold3訓(xùn)練的語料非常有限。因此，基于AlphaFold3的互作預(yù)測(cè)，需要小心求證。另外，AlphaFold3使用，需要Google和GMAIL郵箱才能順利使用，會(huì)限制很多科研工作者的正常使用。

策略：我們團(tuán)隊(duì)緊跟互作機(jī)制研究熱點(diǎn)，可以協(xié)助您的項(xiàng)目，使用AlphaFold3工具進(jìn)行預(yù)測(cè)分析。另外，我們團(tuán)隊(duì)長期聚焦互作機(jī)制研究的濕實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)，如RIP-Seq互作組檢測(cè)、RIP-qPCR互作蛋白驗(yàn)證、修飾互作驗(yàn)證、環(huán)境條件互作驗(yàn)證、互作調(diào)控機(jī)制探索等實(shí)驗(yàn)，協(xié)助您輕松突破互作機(jī)制研究，讓科研成果更上一層樓。

實(shí)操正文如下：

蛋白質(zhì)與RNA互作是指蛋白質(zhì)與RNA分子之間的相互作用。這種互作在生WU體內(nèi)普遍存在，參與基因表達(dá)調(diào)控、RNA加工和轉(zhuǎn)運(yùn)等多種生命過程。蛋白質(zhì)通過與RNA結(jié)合，影響RNA的結(jié)構(gòu)和功能，進(jìn)而調(diào)控生WU體的生理和BING理過程。

那么如何用AlphaFold3預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)與RNA互作呢？

第一步，通過Uniport網(wǎng)站獲取候選基因的蛋白質(zhì)序列（以MYC為例）。

第二步，通過NCBI獲取RNA序列（以lncRNA H19為例）。

第三步，訪問 AlphaFold Server（AlphaFold Server需要科學(xué)上網(wǎng)，而且建議使用Google瀏覽器，使用谷歌賬號(hào)登錄）和輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)測(cè)。

登錄谷歌郵箱賬號(hào)，點(diǎn)Add entity框就可以添加蛋白質(zhì)、DNA、RNA、配體和離子（金屬離子）。

將MYC蛋白質(zhì)和H19的核酸序列序列輸入，點(diǎn)”Continue and preview job”。

點(diǎn)“Confirm and submit job”即可提交作業(yè)，因H19核酸序列較長，本次運(yùn)行約30 分鐘左右。

第四步，結(jié)果。MYC和H19互作預(yù)測(cè)結(jié)果。點(diǎn)“Download”可下載數(shù)據(jù)。

顏色越藍(lán)表示預(yù)測(cè)的置信度越高，越橙則越低。

注：pLDDT：基于 0-100 量表的每個(gè)原子置信度估計(jì)，其中較高的值表示置信度較高。pTM 和 ipTM 分?jǐn)?shù)：預(yù)測(cè)模板建模（pTM）分?jǐn)?shù)和界面預(yù)測(cè)模板建模（ipTM）分?jǐn)?shù)均來自稱為模板建模（TM）分?jǐn)?shù)的度量。pTM 分?jǐn)?shù)高于 0.5 表示整體預(yù)測(cè)的復(fù)合物折疊可能與真實(shí)結(jié)構(gòu)相似。ipTM 衡量復(fù)合物內(nèi)亞基相對(duì)位置的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性。高于 0.8 的值表示置信度高的高質(zhì)量預(yù)測(cè)，而低于 0.6 的值則表明可能是失敗的預(yù)測(cè)。ipTM 分?jǐn)?shù)在 0.6 到 0.8 之間為灰色域，預(yù)測(cè)可能正確或不正確。對(duì)于小結(jié)構(gòu)或短鏈，TM 分?jǐn)?shù)非常嚴(yán)格，因此當(dāng)涉及少于 20 個(gè)標(biāo)記時(shí)，pTM 分?jǐn)?shù)賦值低于 0.05；在這些情況下，PAE 或 pLDDT 可能更能指示預(yù)測(cè)質(zhì)量。

這些cif文件可以用PyMol類似的軟件打開，然后進(jìn)行后續(xù)分析。

AlphaFold3給蛋白質(zhì)與RNA互作預(yù)測(cè)提供了新的方法和工具。如遇AlphaFold3實(shí)操問題，歡迎后臺(tái)留言或聯(lián)系我們團(tuán)隊(duì)，進(jìn)行交流探討！