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膠質(zhì)LIU是最常見的中SHU神經(jīng)系統(tǒng)原發(fā)性惡性腫LIU,預(yù)后差,中位生存期低。膠質(zhì)母細(xì)胞LIU(GBM)約占膠質(zhì)LIU的50%,對于復(fù)發(fā)性GBM目前尚無有用的治LIAO選擇。因此,迫切需要進(jìn)一步了解復(fù)發(fā)性膠質(zhì)LIU的分子BING理,尋找新的YAO物靶點(diǎn),開發(fā)新的膠質(zhì)LIU治LIAO方法。
2024年3月,中南大學(xué)湘雅hospital研究團(tuán)隊(duì)在Signal Transduction and Targeted Therapy(簡稱STTT)雜志上,發(fā)表“Suppression of ITPKB degradation by Trim25 confers TMZ resistance in glioblastoma through ROS homeostasis”的研究成果,該研究揭示ITPKB可能是TMZ耐YAO性膠質(zhì)LIU的潛在診LIAO靶點(diǎn)。
分子備注
ITPKB:Inositol-trisphosphate 3-kinase B
TRIM25:E3 ubiquitin/ISG15 ligase TRIM25
圖形摘要:
Highlights如下:
1)臨床相關(guān)性:復(fù)發(fā)組中ITPKB的表達(dá)高于原發(fā)組,且與膠質(zhì)LIU患者的預(yù)后不良相關(guān)。
2)耐YAO功能:耐YAO細(xì)胞中,敲減或抑ZHI激酶ITPKB能夠恢FU細(xì)胞對TMZ的敏感性。ITPKB通過ROS穩(wěn)態(tài)參與TMZ敏感性。
3)分子機(jī)制:調(diào)控上游Trim25 在 S100 位點(diǎn)的磷酸修飾水平降低,從而促使ITPKB 泛素化水平的下調(diào),促進(jìn)ITPKB 蛋白穩(wěn)定性積累,從而降低 ROS 水平。
臨床相關(guān)性:
ITPKB在復(fù)發(fā)組中明顯上調(diào),與膠質(zhì)LIU患者的預(yù)后不良相關(guān)。
功能研究:
耐YAO細(xì)胞中,敲減激酶ITPKB能夠恢FU細(xì)胞對TMZ的敏感性。ITPKB敲低或使用ITPKB抑ZHI劑GNF362聯(lián)合TMZ治LIAO,都明顯降低腫LIU生長和腫LIU重量。
機(jī)制研究:
(一)信號通量機(jī)制
結(jié)合Linkedomics數(shù)據(jù)庫、蛋白質(zhì)組學(xué)分析和細(xì)胞學(xué)實(shí)驗(yàn)表明,表明ITPKB對TMZ耐YAO膠質(zhì)LIU細(xì)胞化療反應(yīng)的影響依賴于ROS的穩(wěn)態(tài)。
(二)分子互作機(jī)制
第一步:分子互作蛋白篩選
探索1:調(diào)控水平確認(rèn)。研究發(fā)現(xiàn)ITPKB蛋白(不是mRNA水平)在復(fù)發(fā)性組ZHI和TMZ耐YAO細(xì)胞中明顯上調(diào)(圖1a-b),表明ITPKB蛋白的升高是轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的結(jié)果。
探索2:互作泛素酶篩選。CoIP-MS分析發(fā)現(xiàn)泛素連接酶Trim25可能為候選互作蛋白(圖1c)。調(diào)控蛋白積累的互作蛋白,推薦泛素連接酶,讀者朋友們可以借鑒。
驗(yàn)證1:CoIP驗(yàn)證。內(nèi)源anti-Trim25 Co-IP實(shí)驗(yàn)證實(shí)Trim25與ITPKB的結(jié)合,與敏感細(xì)胞相比,在耐YAO細(xì)胞中相互作用更弱(圖1d)。同時內(nèi)源anti-Trim25 Co-IP實(shí)驗(yàn)還發(fā)現(xiàn)敏感細(xì)胞經(jīng)TMZ處理后,ITPKB與Trim25結(jié)合能力下降(圖1e)。外源Co-IP實(shí)驗(yàn)也證實(shí)TMZ處理減少Trim25與ITPKB相互作用(圖1f)。這是環(huán)境條件下互作機(jī)制研究的既定動作,讀者朋友們可以參考。
驗(yàn)證2:關(guān)鍵結(jié)構(gòu)域互作驗(yàn)證。ITPKB蛋白是一種激酶,TRIM25和IPTKB的互作是否通過調(diào)控激酶結(jié)構(gòu)域發(fā)揮功能,需要進(jìn)一步探究。作者通過構(gòu)建系列ITPKB截短突變體,進(jìn)行Co-IP檢測分析,結(jié)果表明ITPKB激酶結(jié)構(gòu)域是其與Trim25結(jié)合所必需的(圖1g-h)。表明Trim25與ITPKB的這種相互作用,是通過ITPKB的激酶結(jié)構(gòu)域進(jìn)行相互作用的。這些實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步證明了TRIM25可能是調(diào)控IPTKB蛋白積累的關(guān)鍵上游調(diào)控蛋白。
圖1 Trim25是ITPKB結(jié)合蛋白(Ref. Fig 4)
第二步:分子互作蛋白調(diào)控目的蛋白IPTKB的分子機(jī)制
TRIM25是一種泛素連接酶,是否參與調(diào)控ITPKB蛋白穩(wěn)定性積累?
證據(jù)1:研究人員發(fā)現(xiàn)敲低Trim25,明顯增加ITPKB蛋白積累;Trim25過表達(dá)則相反抑ZHI其積累(圖2a-b)。
證據(jù)2:加入蛋白酶體抑ZHI劑MG132后,Trim25過表達(dá)誘導(dǎo)的ITPKB水平降低效應(yīng)被逆轉(zhuǎn)(圖2c),表明Trim25通過蛋白酶體途徑降低ITPKB的穩(wěn)定性。
證據(jù)3:采用放線菌酮(CHX)追逐實(shí)驗(yàn),發(fā)現(xiàn)Trim25敲低增加ITPKB蛋白的半衰期,Trim25過表達(dá)則相反(圖2d-e)。
證據(jù)4:耐YAO細(xì)胞內(nèi)源Co-IP分析顯示Trim25敲低明顯降低ITPKB的多泛素化(圖2f)。外源Co-IP分析,Trim25過表達(dá)增加ITPKB多泛素化(圖2g)。
證據(jù)5:泛素化修飾類型研究。研究人員分別用Ub-K48、Ub-K63進(jìn)行Co-IP泛素化分析,表明ITPKB被Ub-K48普遍泛素化(圖2h);用Ub-K48、Ub-K48R進(jìn)行Co-IP泛素化分析,表明Ub-K48R組的ITPKB多泛素化被去除(圖2i)。表明Trim25介導(dǎo)ITPKB的K48鏈泛素化。
證據(jù)6:ITPKB泛素化修飾位點(diǎn)確認(rèn)。網(wǎng)站預(yù)測ITPKB的K793和K818可能是Trim25結(jié)合域附近的潛在泛素化位點(diǎn)。構(gòu)建ITPKB的K793R、K818R和2KR突變體,Co-IP分析單位點(diǎn)突變(K793R或K818R)對多泛素化沒有影響,兩個位點(diǎn)突變2KR去除ITPKB中K48鏈的多泛素化(圖2j-k)。細(xì)胞實(shí)驗(yàn)也顯示ITPKB野生型(而不是2KR突變型)增加細(xì)胞的存活率和ROS的降低(圖2l-m)。
這些結(jié)果表明:TRIM25通過泛素修飾系統(tǒng),參與ITPKB的蛋白穩(wěn)定性調(diào)控。
圖2 Trim25介導(dǎo)ITPKB K48鏈在K793和K818位點(diǎn)的泛素化(Ref. Fig5)
第三步:在環(huán)境條件(耐YAO)中,上游蛋白TRIM25的分子特征和調(diào)控機(jī)制
TRIM25在TMZ耐YAO中的分子狀態(tài)發(fā)生了什么變化,從而影響了IPTKB蛋白積累?
探索:TRIM25磷酸化位點(diǎn)發(fā)生變化。研究表明翻譯后修飾(如磷酸化)在調(diào)節(jié)Trim25活性中起重要作用。為了探究Trim25在初發(fā)和復(fù)發(fā)GBM中的功能差異的原因,通過磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)檢測分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)Trim25的S100位點(diǎn)磷酸化在復(fù)發(fā)樣本中明顯降低(圖3a-b)。體外泛素化實(shí)驗(yàn)檢測,結(jié)果顯示Trim25被ALP去磷酸化時,ITPKB泛素化明顯減少(圖3c)。表明Trim25中S100磷酸化水平的降低可能會干擾Trim25的E3連接酶活性,導(dǎo)致ITPKB的穩(wěn)定性增加。
驗(yàn)證:通過擬磷和去磷酸化方法,發(fā)現(xiàn)在Trim25的S100D擬磷突變中,Trim25與ITPKB結(jié)合增強(qiáng);在Trim25的S100A去磷突變中,Trim25與ITPKB結(jié)合降低(圖3d)。與野生型Trim25相比,Trim25的S100D突變體增加了ITPKB的泛素化水平,而Trim25的S100A突變體降低ITPKB的泛素化水平(圖3e)。
這些結(jié)果表明:Trim25的S100位點(diǎn)磷酸化對于Trim25介導(dǎo)的ITPKB蛋白的泛素化是必需的。
圖3 Trim25的S100磷酸化是ITPKB泛素化所必需的(Ref. Fig6)
結(jié)論:本研究發(fā)現(xiàn),ITPKB在復(fù)發(fā)組中明顯上調(diào),與膠質(zhì)LIU患者的預(yù)后不良相關(guān)。體內(nèi)、外實(shí)驗(yàn)顯示敲減ITPKB或使用ITPKB抑ZHI劑GNF362能恢FU細(xì)胞對TMZ的敏感性。機(jī)制上,Trim25在S100位點(diǎn)的磷酸化降低導(dǎo)致與ITPKB結(jié)合降低,降低ITPKB泛素化水平,進(jìn)而提高ITPKB的穩(wěn)定性,降低ROS的水平。該研究揭示一種新的TMZ耐YAO機(jī)制,并提出ITPKB可能是TMZ耐YAO性膠質(zhì)LIU的有前途治LIAO靶點(diǎn)。